De acuerdo al Diagnóstico Nacional de Supervisión Penitenciaria 2021, elaborado por la Comisión Nacional de Derechos Humanos (CNDH), Querétaro continúa ubicado como uno de los dos estados mejor evaluados a nivel nacional y con la más alta calificación en el grupo B, en donde está situado en dicho estudio, al obtener 7.68 puntos; la entidad se sitúa solo por abajo de Chihuahua que obtuvo 7.77 puntos.
Algunas de las acciones que se destacan en el estudio de la entidad queretana son la inexistencia de actividades ilícitas, ausencia de autogobierno, ausencia de extorsión o sobornos, así como la apropiada implementación de programas para prevenir y atender incidentes, manteniéndose como una entidad sin riñas o motines en sus centros penitenciarios.
La evaluación incluyó el Centro Penitenciario 2 Femenil de San José El Alto y por primera vez evaluaron las condiciones del Centro Penitenciario 4 de Jalpan de Serra, en los que se continúa trabajando para fortalecer aquellos rubros con calificación aprobatoria y solventar las áreas de oportunidad para continuar siendo referente del país en orden, tranquilidad y respeto a los derechos humanos en sus centros penitenciarios.
Cabe señalar que la CNDH en la edición 2021 de su evaluación de los sistemas penitenciarios estatales y federales, modificó la metodología para agrupar entidades con similitudes de infraestructura y operación.
En esta ocasión dividió a las 32 entidades federativas en seis grupos, segmentados conforme a la población penitenciaria que tienen, ubicando a Querétaro en el grupo B junto a Durango, Morelos, Coahuila, Quintana Roo, San Luis Potosí, Zacatecas, Nayarit y Aguascalientes.